埃博拉席卷西非，研究者担心该病毒可能会因变异而更加棘手。但一项最新的研究结果表明，与2014年3月疫情爆发初期的感染者相比，10月至11月间来自非洲马里（Mali）的感染者体内的埃博拉病毒基因组序列并未出现显著改变。
临床实验诊断、抗体治疗与疫苗研发都是以埃博拉基因组的特定序列为基础而进行的。若遗传改变过多，将会让临床症状变得更复杂（或使病毒的感染能力提高），并导致现有的治疗与预防手段失效。但美国国家过敏症与传染病研究所（National Institute of Allergy and Infectious Diseases）的病毒学家Heinz Feldmann等人对最近从马里获得的4个埃博拉样本进行测序后，发现该病毒几乎没有发生变异。
然而与之截然相反的是，去年8月某研究小组对99例塞拉利昂感染者体内的埃博拉样本与以往的病毒样品进行序列比对，发现病毒在人际传播过程中出现了超过300个基因改变（Science, 29 August 2014, p.989）。
Feldmann等人发表于《科学》（Science）对马里感染者测序研究的样本采集于多个区域与时间段，从而可对埃博拉的长期演化进行观察。结果证实了大多数学者的推测：已产生的大多数突变会消失，因为它们并不是有益突变。
埃博拉病毒去年曾两次从几内亚蔓延至马里，并造成疾病大流行。去年10月跟随家人从几内亚至卡耶斯（位于马里西部）的两岁女童被确诊感染上埃博拉病毒，随后死亡，但并未造成他人感染。然而几天之后，一位从几内亚至马里首都巴马科的男性埃博拉病毒携带者导致疫情爆发，并造成至少七人感染。
Feldmann等人随后对该女童以及第二次疫情中三位感染者的埃博拉样本进行测序发现，女童与2014年3月疫情爆发初期的感染者体内的病毒之间只有15个核苷酸的差异。此外，虽然没有证据表明这两次疫情有什么必然联系，但造成马里两次疫情的病毒间也十分类似。
加州大学圣克鲁兹分校（University of California, Santa Cruz）病毒学教授（曾建立埃博拉病毒基因组数据库）Jim Kent表示，上述研究表明埃博拉病毒比较稳定，因此或可研发疫苗进行防控。
美国马萨诸塞州博德研究院（Broad Institute in Cambridge, Massachusetts）的Kristian Andersen（塞拉利昂埃博拉感染者测序研究论文的共同通信作者）则提醒道，引入实验疗法以及疫苗会增添新的选择压力，因此对于该病毒进化情况的持续监测仍十分必要。
